Wie in vielen anderen Städten dienten die Türme der mittelalterlichen Stadtmauer nicht nur der Verteidgung der Stadt sondern auch der Aufbewahrung von Gefangenen bis zur Gerichtsverhandlung bzw. Hinrichtung. Die Gefangenen waren dabei im tür- und fensterlosen untersten Stockwerk (Ergeschoß bzw. Keller) der Türme untergebracht. Das Verlies war nur von oben durch ein Loch in der Decke (Angstloch) zugänglich, durch das die Gefangenen hinabgelassen wurden.

Freiheitsstrafen waren bis ins 16. Jahrhundert kaum üblich, viel häufiger waren Geld- , Schand- und Körperstrafen, bei besonders schweren Vergehen außerdem verschiedene Formen der Todesstrafe. Wer allerdings eine Geldstrafe nicht zahlen konnte, wurde statt dessen eine Zeitlang eingesperrt. Auch Gläubiger konnten ihre Schuldner in den Schuldturm werfen lassen, bis sie bereit waren ihre Schuld zu begleichen. Vielfach waren die mittelalterlichen Gefängnisse gleichzeitig Folterstätten. Die Folterung sollte zum einen der Wahrheitsfindung im Gerichtsverfahren, zum anderen der Bestrafung verurteilter Verbrecher dienen. Nicht selten kam die mittelalterliche Gefängnisstrafe daher einer Körperstrafe bzw. einer besonders grausamen Todesstrafe gleich. Von den Gefängnistürmen der Stadt blieben nach dem Schleifen der Stadtmauer nur wenige erhalten (z.B. der Schneidturm in der Nähe des Kongreßzentrums).

Politische Verbrecher, die den Würzburger Fürsrbischöfen besonders am Herzen lagen, wurden auf der Festung Marienberg festgesetzt. Dort diente unter anderem der Bergfried (s. Bild) als Gefängnis. Immer wieder gerne wird hierzu die tragikomische Geschichte des Grafen Günther von Schwarzburg erzählt, der 1428 mit einer Bürgerdelegation beim Bischof mit Beschwerden vorstellig wurde und deswegen kurzerhand in den Bergfried geworfen werden sollte. Da der Graf anscheinend überdurchschnittlich gut genährt war, blieb er im Angstloch stecken und mußte dann umständlich befreit werden. Ein anderer berühmter Gefangener auf der Festung war Til Riemenschneider, der 1525 im Kellergefängnis des Randersackerer Turms (der linke Turm von der Stadt aus gesehen) festgesetzt und gefoltert wurde, da er sich als Bürgermeister im Bauernkrieg auf die falsche Seite (die der Bauern) gestellt hatte.

Neben den Türmen dienten auch die Stadt- und Brückentore, sowie der Keller des Rathauses (vgl. z.B. die Nürnberger Lochgefängnisse) als Gefängnis. Als besonders kostengünstige Form des Gefängnisses fanden sogenannte Stockhäuser Verwendung, wo die Gefangenen mit Armen und/oder Beinen in Holzblöcke (Stöcke) gelegt wurden. Zusätzliche Sicherungsmaßnahmen wie z.B. feste Steinmauern waren somit nicht nötig. Daher konnten einfache Fachwerkhäuser leicht in Stockhäuser umfunktioniert werden.

Ihren großen Aufschwung nahm die Freiheitsstrafe Ende des 16. Jahrhunderts mit dem Bau des ersten modernen Gefängnisses, des Amsterdamer Zuchthauses. In Deutschland folgten viele Städte dem Amsterdamer Vorbild und so wurde 1695 auch das erste Würzburger Arbeitshaus in der Nähe des Julisspitals errichtet, wo nicht nur Kriminelle sondern auch "Bettler, liederliche Weibspersonen, trotzige Dienstboten und verlassene Kinder" unterkamen. Das Arbeitshaus bot darüber hinaus auch solchen Menschen Arbeit, die sonst keine Arbeit fanden.