Die Initiative Zelle wurde im Mai 1989 auf Anregung von drei Jura-Studenten ins Leben gerufen. Mit einer gemischten Gruppe aus neun Hochschüler begann die Arbeit mit den Häftlingen im alten Gefängnis in der Innenstadt. Man betrat mehr oder weniger Neuland, denn bis dahin gab es in der Einrichtung nur zwei ehrenamtliche Kräfte. Die Gruppenstunden fanden zu Anfang im Sporthof unter freiem Himmel statt. Später wechselte man dann in den Besucherraum.

Im Innenstadt-Knast wurden damals nur Kurzzeit-Strafen bis zu etwa einem Dreivierteljahr vollstreckt. Es wurde lange nur eine Gruppe von Gefangenen betreut. Damals gingen immer möglichst alle Mitglieder der Initiative Zelle gemeinsam ins Gefängnis. Da konnte es leicht passieren, dass mehr "Zellianer" als Gefangene anwesend waren! Doch es herrschte kein Mangel an interessierten Häftlingen, da die Freizeitmöglichkeiten in dem kleinen beängten Haftgebäude sehr eingeschränkt waren. Da war die Zeit mit den Studenten eine willkommene Abwechslung.

Die Mitglieder der Initiative Zelle sahen sich immer auch als Vertreter der Häftlinge gegenüber Anstaltsleitung und Öffentlichkeit. Mit dem gewonnenen guten Ruf gelang es der Gruppe sogar einen Sitz im Anstaltsbeirat zu besetzen. Heute hat die Initiative diese direkte Einflussmöglichkeit leider nicht mehr.

Mit dem Umzug in die neue JVA 1998 enderte sich auch für die Initiative Zelle vieles. Der Anfahrtsweg wurde entschieden länger und der Transfer zu einer erheblichen Kostenbelastung. Nach dem Bezug hatte die neue JVA noch einige Zeit die niedrigste Sicherheitsstufe. Daher war es weiterhin möglich mit Häftlingen auch außerhalb der Haftmauern zu arbeiten. So kam es zu Ausflügen und Exkursionen mit Freigängern. Aufgrund der Sicherungsverschärfungen ist dieser Teil der Arbeit heute entfallen. Stattdessen wird heute mit zwei Gruppen gearbeitet. Die Abende finden in den Gemeinschaftsräumen der Zellenblocks statt. Ab und an kann auch auf die Turnhalle der JVA zurückgegriffen werden. Zudem werden manchmal auch Gottesdienste an Sonntagen mitgestaltet.

Neben der Kerntätigkeit in der JVA hat die Initiative Zelle auch immer stark auf Öffentlichkeitsarbeit gesetzt. Gerade in der Anfangszeit wurden auf Infoveranstaltungen Missstände im Haftalltag angeprangert und Alternativen zur Strafhaft diskutiert. Auch wurde sich um Filmreihen in den damals noch zahlenmäßig stärker vertretenen kleinen Kinos in Würzburg bemüht. Heute spielt der Besuch externer Veranstaltungen auch außerhalb Würzburgs eine große Rolle. So stellten Mitglieder der Initiative Zelle unsere Arbeit auf dem Weltjugendtag 2005 in Köln vor.